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    轉錄組測序
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    • 技術優勢
    • 服務內容
    • 服務說明
    • 個性化生物信息分析

    任意物種的全轉錄組分析:無需預先設計特異性探針,因此無需了解物種基因或基因組信息,

    夠直接對任何物種進行全面的轉錄組分析;

    ? 覆蓋度高:數字化信號,直接測定幾乎所有轉錄本片段的序列;


    檢測閾值寬:跨越6個數量級的寬檢測閾值,從幾個到數十萬個拷貝精確計數;


    分辨率高:可以檢測基因家族中相似基因及可變剪接造成的單堿基差異;


    檢測范圍廣:從幾個到數十萬個拷貝精確計數,可同時鑒定及定量正常和稀有的轉錄本。


    一、無參考基因組序列的轉錄組

    1. 基礎序列信息分析

    1)對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;

    2)數據產出統計及測序數據的成分和質量評估;

    3)組裝結果分析;

    4Unigene功能注釋及COG分析;

    5UnigeneGO分類;

    6Unigene代謝通路分析;

    7)預測編碼蛋白框(CDS);

    8Unigene表達差異分析;

    9Unigene在樣品間的差異GO分類和Pathway富集性分析;

    10SNP分析(僅針對真核生物);

    11SSR開發及引物設計(僅針對真核生物)。


    2. 定制化信息分析

    可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。



    無參考基因組序列的轉錄組測序技術流程技術流程


    二、有參考基因組序列的轉錄組

    1.準信息分析

    1)對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;

    2測序評估;統計rRNA比例(需提供rRNA參考序列)(僅針對原核生物)

    3)基因表達注釋;

    4)基因差異表達分析;

    5)差異基因的表達模式聚類分析(僅針對真核生物);

    6)差異表達基因GO功能富集分析(僅針對真核生物);

    7)差異表達基因Pathway顯著富集分析(僅針對真核生物);

    8)對基因結構進行優化(僅針對真核生物);

    9)鑒定基因的可變剪接(僅針對真核生物);

    10)新轉錄本預測及注釋;

    11SNP分析。


    2定制化信息分析

    可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。



    有參考基因組序列的轉錄組測序技術流程技術流程


    三、 鏈特異性轉錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列

    鏈特異性技術,也稱 strand-specific RNA sequencing method,是一種能夠區分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。


    1. 標準信息分析(真核生物)

    分析內容同常規轉錄組。


    2標準信息分析(原核生物)

    1)基因結構分析;

    2UTR注釋及相關分析;

    3Promoter預測;

    4sRNA的注釋及其相關分析(分析基因間區長度大于100ntsRNA);

    5)其他(分析內容同常規轉錄組)。


    3. 定制化信息分析


    可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。


    四、均一化轉錄組

    基于雙鏈特異性核酸酶(Duplex-Specific NucleaseDSN)的均一化文庫構建技術,能夠通過降低高豐度表達基因,有效地富集低豐度基因,以獲得更全面的基因信息。

    信息分析: 分析內容同常規轉錄組。


    五、TruSeq微量轉錄組

    TruSeq微量轉錄組測序使用Illumina TruSeq RNA Sample Prep Kit進行文庫構建,可將單次構建的樣品起始量降低至200ng,從而滿足珍稀樣本的測序需求,極大拓寬了轉錄組測序的應用范圍。

    信息分析:分析內容同常規轉錄組。


    六、非編碼RNA測序分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果

    定制化信息分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。


    一、樣品要求

    常規轉錄組測序

    A. 樣品類型:去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA

    B. 樣品需求量(單次):植物和真菌樣品:≥20 μg;人、大鼠、小鼠樣品:≥5 μg

    其他類型動物:≥10 μg;

    C. 樣品濃度:人、大鼠、小鼠樣品:≥65 ng/μL;其它類型動物樣品:≥150 ng/μL

    D. 樣品純度:真核:OD260/280 =1.82.2OD260/230 ≥2.0

    人和動物樣品:RIN ≥ 7.0


    TruSeq微量轉錄組

    A. 樣品類型:去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA。

    B. 樣品需求量(一次建庫量):人、大鼠、小鼠樣品:≥200ng;其他物種:≥1μg

    C. 樣品濃度:人、大鼠、小鼠樣品:≥5ng/ul;其他物種:≥20ng/ul

    D. 樣品純度:動物樣品(昆蟲除外):RIN≥7.028s/18s


    二、項目運轉周期

    標準流程的運轉周期約為50個工作日。


    三、項目合格指標

    產生不低于合同規定的clean reads數。


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